Sau năm 1975, Phú Đông là một xã thuộc huyện Gò Công cũ.

Ngày 13 tháng 4 năm 1979, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định số 155-CP[3]. Theo đó, chia huyện Gò Công thành hai huyện Gò Công Đông và Gò Công Tây, xã Phú Đông thuộc huyện Gò Công Đông.

Ngày 9 tháng 3 năm 1992, tách một phần diện tích và dân số của xã Phú Đông để thành lập xã Phú Tân thuộc huyện Gò Công Đông.[4]

Ngày 21 tháng 1 năm 2008, xã Phú Đông chuyển sang trực thuộc huyện Tân Phú Đông mới thành lập.[5]